А грозит ли что-нибудь рядовому работнику за неоформленные трудовые отношения?

«Зарплатные» комиссии таковым не грозят. В то же время, если работодатель не удерживает с их дохода налог, они сами обязаны до 30 апреля следующего года заполнить налоговую декларацию и до 15 июля самостоятельно уплатить все налоги.

Юридически от выплаты НДФЛ работника никто не освобождал, так что по п.1 ст. 228 НК РФ, он просто обязан его вычислить и уплатить самостоятельно.