Всего в пределах района протекает 19 малых рек, речек, ручьёв и временных водотоков. Возможное воздействие на поверхностные воды определяется изъятием воды из них и привнесением вредных веществ в водную среду, что может повлечь за собой, соответственно, истощение водных ресурсов и их загрязнение.
Основными источниками загрязнения поверхностных вод Балтайского муниципального района являются:
неочищенные производственные и бытовые сточные воды;
фильтрационные утечки вредных веществ из ёмкостей и трубопроводов;
сельскохозяйственная деятельность (распашка земель, химизация).
Необходимо отметить, что в настоящее время организованного сброса сточных вод через центральные канализации в районе не имеется.
Основными загрязнителями малых рек на территории района являются животноводческие фермы, летние лагеря скота, мехдойки, сточные воды предприятий коммунального обслуживания.
В питании рек района основную роль после спада весеннего половодья выполняют воды из палеогеновых водоносных горизонтов выходящих на дневную поверхность в виде родников. Ими и держится устойчивый меженный уровень воды рек Грязнухи, Малого Чернобулака, левых притоков р. Алая — Донгуза, Кочелая.
Что касается качеств воды рек, то оно остаётся более или менее постоянным; речные воды минерализованы слабо и, если не заражены отходами производства, сохраняют качество питьевых водных источников. Однако необходимо отметить, что поверхностных источников централизованного водоснабжения в районе нет.
Основным источником питьевого и хозяйственного водоснабжения в пределах Балтайского района служат подземные воды, вскрываемые артезианскими скважинами и шахтными колодцами.
Наиболее широко для водоснабжения в районе используются водоносные комплексы палеогеновых и верхнемеловых отложений с помощью одиночных и групповых скважин. Воды преимущественно пресные, гидрокарбонатно-хлоридные и сульфатно-хлоридные с минерализацией 0,3-1,0 г/л.
В целом по химическому составу и микробиологическим показателям вода, подающаяся из артезианских скважин в водопроводную сеть, в основном соответствует требованиям ГОСТ 2761-84 «Источники централизованного хозяйственно-питьевого водоснабжения» и требованиям СанПиН 2.1.4.1074-01 «Питьевая вода. Гигиенические требования к качеству воды централизованных систем питьевого водоснабжения. Контроль качества». Подземные источники в большей своей частью относятся к 1 классу и используются без очистки.
Однако качество воды централизованных источников по микробиологическим и санитарно-химическим показателям имеет тенденцию к ухудшению. Основная причина — отсутствие технического обслуживания водозаборных и водопроводных сооружений. В пробах воды (отобраны в апреле 2007 г.) отдельных скважин с. Балтай (скв. №3, 5, 6), и накопительных резервуаров с чистой водой обнаружено превышение нормативов по окисляемости, мутности, цветности, содержанию железа и нитритов.
В качестве децентрализованного водоснабжения в районе используются шахтные колодцы. Все общественные колодцы (49 шт.) находятся в ведомстве администраций муниципальных образований. Колодцы благоустроены. Ремонт и очистка проводятся в конце мая, июне ежегодно. Лабораторный контроль осуществляется планово 2 раза в год ― весной и осенью. Санитарно-техническое состояние колодцев удовлетворительное. Санитарно-эпидемиологических заключений данные источники водоснабжения не имеют.
